Qubes OS to specjalistyczna dystrybucja oparta na Fedora Linux oraz Xen.Podczas prac nad systemem, położono szczególnie nacisk na kwestię bezpieczeństwa w myśl zasady „bezpieczeństwo przez izolację”.

 

Oznacza to, że wszelkie moduły i programy uruchamiane są w przeznaczonym do tego odizolowanym środowisku, co minimalizuje ryzyko rozprzestrzeniania się zagrożenia w momencie gdy jeden składnik zostanie zaatakowany.