Encrypted FTP jest zarówno serwerem jak i klientem FTP. Oprogramowanie wykorzystuje szyfrowanie transmisji algorytmem RSA oraz Blowfish. Dzięki temu wysyłane/odbierane dane są zabezpieczone przed odczytem przez osoby trzecie.
Aplikacja umożliwia wznawianie pobierania/wrzucania plików, po wcześniejszej utracie połączenia. Encrypted FTP daje duże możliwości konfiguracyjne (np. limity ilości połączeń z serwerem, restrykcje dot. prędkości pobierania, wiadomości powitalne serwera).