Program posiada usługę, która jednym przyciskiem usuwa wszystkie wykryte błędy na dysku twardym. Oprócz tego zawiera wiele przydatnych funkcji, umożliwiające między innymi tworzenie i przywracanie kopii bezpieczeństwa oraz automatyczne uruchamianie programu po starcie systemu. Nie zabrakło w nim również zaawansowanego narzędzia defragmentującego rejestr systemowy po usunięciu wszystkich wykrytych błędów.
Program Dr. CleanUp dostępny jest w wersji testowej i umożliwia jedynie usunięcie 15 błędów wybranych przez użytkownika.