ChemSketch umożliwia tworzeni wzorów (2D i 3D). Możliwe jest również tworzenie animowanych modeli 3D wzorów strukturalnych. Program posiada obszerną bazę wzorów oraz grup funkcyjnych. Co ważne możliwe jest instalowanie dodatkowych modułów (dostępne na stronie producenta), które znacznie poszerzają funkcjonalność programu.
Aplikacja ma również komercyjną odmianę, która posiada więcej usprawnień i funkcji.