PyMOL jest jednym z popularniejszych wolnych programów do wizualizacji oraz animacji cząstek chemicznych wśród środowisk naukowych na całym świecie. Oprogramowanie jest wieloplatformowe, obsługuje systemy Microsoft Windows, Linux oraz Mac OS X.
Aplikacja jest bardzo wydajna, oglądanie jak i animacja trójwymiarowych modeli są płynne, a użytkownik posiada duże możliwości konfiguracji. Istnieje opcja zwiększenia funkcjonalności PyMOL dzięki dostępnym rozszerzeniom.
