Clone Hunter to narzędzie służące do wyszukiwania duplikatów plików. Aplikacja skanuje zawartość określonej lokalizacji (cały dysk, wybrany folder), wyszukując powtarzających się plików. Podczas procesu porównywania dwóch plików program wykorzystuje następujące kryteria: nazwa, rozszerzenie, data i czas utworzenia, zawartość i rozmiar. Dodatkowo aplikacja daje możliwość zastosowania filtrów (wyłączenie wybranych folderów, określenie przedziału rozmiaru pliku, itp) w celu zmniejszenia ilości skanowanych elementów.