Master Commander jest darmowym menadżerem plików, stanowiący doskonałą alternatywę dla Eksploratora Windows i programu Total Commander. Aplikacja została wyposażona w wygodny dwupanelowy układ wyświetlający poszczególne pliki i foldery w formie listy lub drzewa. Obsługuje archiwa: ZIP, TAR, GZIP, TGHZ, BZIP2, RAR, a także 7-ZIP.

Program Master Commander wspiera podstawowe operacje na plikach i katalogach (przenoszenie, kopiowanie, usuwanie czy zmiana nazwy). Oprócz tego posiada wbudowanego klienta FTP i wygodny edytor tekstowy z podświetlaną składnią dla wielu języków programowania. Nie zabrakło w nim również edytora kodów binarnych HEX oraz funkcji szyfrującej i deszyfrującej pliki za pomocą odpowiednich algorytmów DES, TripleDES, BASE64 czy AES (128 i 256 bit).

Aplikacja pozwala również na wyszukiwanie podanej frazy w plikach, wyświetlanie wielkości folderów, dokonywanie zmian atrybutów i dat, a także tworzenie sum kontrolnych plików. Umożliwia też dzielenie i scalanie dużych plików, definiowanie listy ulubionych folderów oraz porównywanie i analizowane różnic w zawartości plików o dowolnej wielkości (binarnie i tekstowo). Master Commander to także zestaw przydatnych narzędzi do synchronizacji folderów, pobierania plików z sieci i konwertowania stron kodowych plików. Warto wspomnieć o tym, że może służyć do tworzenia obrazów ISO i udostępniać pliki w sieci lokalnej.