Paragon Total Defrag to narzędzie przeznaczone do wykonywania całkowitej defragmentacji i optymalizacji systemu plików. Aplikacja  pozwala na wykonanie defragmentacji niskiego poziomu, która pozostawia niemalże zerowy poziom fragmentacji systemu plików.  Program przyspieszenie szybkości działania systemu, a także pozwala na optymalizację wszystkich krytycznych plików systemowych i metadanych, z uwzględnieniem MFT (Master File Table – główna tablica plików), katalogów, plików stronicowania, gałęzi rejestru itd.
 
Paragon Total Defrag  oferuje do wyboru dziewięć gotowych scenariuszy defragmentacji dla partycji IDE, SATA lub SCSI o dowolnym rozmiarze. Ponadto program oferuje dwa tryby defragmentacji: szybki i bezpieczny. Tryb bezpieczny jest wolniejszy, lecz chroni dane w razie awarii zasilania podczas wykonywania defragmentacji.